برآورد اندازۀ مؤثر جمعیت در گاو سرابی بر اساس نشانگرهای چندشکل تک نوکلئوتیدی
نویسندگان
چکیده
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه ها با چیپ illumina high-density bovine beadchip شامل 777962 جایگاه snp صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده، متوسط فراوانی آلل های نادر و درصد آلل های در حالت عدم تعادل هاردی-وینبرگ در مجموعۀ داده ها برآورد شد. اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت گیری بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی و به کمک نرم افزار neestimator (v2) به ازای هریک از کروموزوم ها جداگانه برآورد شد. متوسط اندازۀ مؤثر برآوردشده، 28 فرد بود و متوسط فاصلۀ اطمینان 95% برای این برآوردها 3/17 تا 2/40 به دست آمد. نتایج مطالعه نشان داد که گاو بومی سرابی در معرض خطر جدی انقراض قرار دارد و تدوین برنامه هایی برای حفاظت از گاوهای خالص باقی مانده ضروری است.
منابع مشابه
برآورد اندازۀ مؤثر جمعیت در گاو سرابی بر اساس نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفتگیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونهبرداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونهها با چیپ Illumina High-density Bovine BeadChip شامل 777962 جایگاه SNP صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهدهشده، متوس...
متن کاملآنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام ش...
متن کاملآنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ illumina high density bovine beadchip با تراکم 777962 جایگاه انجام ش...
متن کاملشناسایی نشانگرهای چندشکل ریزماهواره در چغندرقند
به منظور شناسایی نشانگرهای SSR و EST-SSR در چغندر قند، مجموعا 2884 توالی EST و همچنین توالی ژن FLC-Like، یکی از ژنهای کلیدی کنترل کننده گلدهی در چغندر، از پایگاه NCBI استخراج شد. بعد از انجام سرهمبندی توالیها و ساخت توالیهای غیر تکراری، همه کانتیگها به منظور شناسایی SSRsهای دو تا شش نوکلئوتیدی مورد جستجو قرار گرفتند. سپس طراحی آغازگرهای اختصاصی از نواحی حفاظت شده اطراف این SSRها انجام شد. ت...
متن کاملمطالعه عدم تعادل پیوستگی و شناسایی ساختار بلوکهای هاپلوتیپی در گاوهای سرابی
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوکهای هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت دادههای ژنومی، 27386 SNP روی کروموزومهای اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازهگیری شد. در این مط...
متن کاملبرآورد اجزای واریانس وزن بدن گوسفند مرینوس در تولد و شیرگیری با استفاده از نشانگرهای تک نوکلئوتیدی و دو رویکرد حداکثر درستنمایی محدود شده و بیزی
مقدمه: برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیر ژنتیکی با اطلاعات شجرهای و ژنومی، از ملزومات پیشبینی صحیح ارزشهای اصلاحی میباشد. دسترسی به آرایههای چندشکلی تکنوکلئوتیدی (SNP) با تراکم بالا و افزایش تعداد حیوانات با اطلاعات ژنوتیپی، دقت و صحت برآوردهای مبتنی بر جمعیت را افزایش میدهد. انتخاب ژنومی بهطور بالقوهای قادر است بیشتر واریانس ژنتیکی را توسط نشانگرها توجیه نماید. هدف از مطالعه حاضر...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
عنوان ژورنال:
علوم دامی ایرانناشر: پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
ISSN 2008-4773
دوره 46
شماره 3 2015
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023